Investigation of antiviral peptides in SARS COV-2 major protease structure by protein-e docking method: An in silico study

Virüsler günümüzde hastalıklarının önemli etkenleri arasında yer almaktadır. Viral hastalıklar için tasarlanan tedavilerin yetersizliği yeni tedavi yöntemlerinin tasarlanması ihtiyacını doğurmaktadır. 2019 yılında ortaya çıkan COVID-19 (SARS COV-2) de antiviral ajanların ihtiyacı olduğu görülmüştür. Yapılan çalışmalar sonucu sunulan raporlarda viral direncin artığı görülmektedir. Bu çalışmanın amacı, antiviral/antimikrobiyal etkinliğe sahip peptidlerin SARS COV-2 ana proteaz yapısında protein-peptid yanaştırma yöntemiyle araştırılmasıdır. Antiviral aktiviteye antimikrobiyal sayısı hala düşük olsada, hali hazırda farmasötik olarak temin edilebilen ilaçlar olma yolunda muazzam bir potansiyel göstermektedir. alloferon 1, e ctry2801, temporin 1ta, dermaseptin s4, clavanin b, magainin b2 ve b1 peptidlerinin (PDB ID:6LU7) protein çalışması CABSDOCK ile yapılmıştır. Magainin peptid ctyr2801 peptidleri bağlanmalarının yüksek düzeyde olduğu, 1 in orta bağlanma afinitesinin termorin s4 b’nin düzey afinitesine gözlemlenmiştir. Sonuçlarımıza göre; b2’nin, vivo çalışmalara diğer öncülük edeceği düşünülmektedir.